ひょっとしたら、>>94や>>100で挙がってるような
グラフ描画用ライブラリを使った方が簡単かもしれない。
ノードのみ並べて、ノードのサイズをライブラリ任せにすれば（その辺はライブラリ依存だが）
だいたいいけそうな気がする。