その言語を用いて書かれたプログラムを起動する方法が
・バイナリとスクリプト言語のどちらも同じ (unix)
・バイナリとスクリプト言語では異なっている (Windows)
のなら、後者についてはその差異による優劣が発生する可能性がある。

Windows に詳しい人が「そんなのありませんよ」と否定すれば
それまでだけど。