C#が1.1なのか他のバージョンなのか。
リフェレクションはAssembly.LoadFromを使っているのかそれとも別の方法か？
リフェレクションで読み込んで呼び出している部分のソースをさらす。
VBで同じ手法のリフレクションを使って実現できているのか。
「Base.dllが見つかりません。」じゃなくてスタックトレースを出せ。
E伊東さんとお知り合いか？

とりあえず、このくらいは書いとけよ。