おそらく，デバッグモードの VM の振る舞いを見て，それが .NET の性能だと誤認しているだけ。
あと，巨大なアセンブリに全部ぶち込むとか，システム全体から見て最初に起動する .NET アプリの
動作しか見ていないとか。

入れ物が違うのでテクニックも変わらざるを得ないが，動作速度に大差は無いよ。

IDE が遅いのはまた別の原因なので間違えないでね