完成までの大まかな流れを書いてみる。

①大雑把にローカルで動く遊戯王を作る。
②cgiをどこに組み込むか考える。
③②を踏まえた上で①を修正
④②を実行に移す。
⑤正常に動作するかテスト
⑥⑤の修正、改良
⑦使えるカードの種類を増やす。
⑧概観をよくする。
⑨完成

こんな感じになると思う。まずは①をやる。
最低限の動作が再現することを優先してやる。