で、確かWM_KEYDOWN/UPでやってるなら、WndProcの戻り値をTRUEにして
「そのキーについては処理した」と教えてやればBEEP鳴らないはず。
KEYDOWNでそれやると、処理されたとしてその後のKEYUPが来なくなるけどな。