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CLEANが定数だからだね。警告は出るが、値としてはちゃんと変化している。
警告は気にしなければ、期待通りの動作になっているはず。

気になる場合だが、
http://rake.rubyforge.org/classes/Rake/FileList.html#M000122

CLEAN.exclude('*.bak')
してから、
CLEAN.include('**/.hoge')
などとすればいいのではないかと思うよ。
使ったことないからよくわからないが。