$ren_value = 0;

for (@ARGV) {
 $oldname = $_;
 $newname = $oldname;
 $newname =~ s/hoge/fuga/g;

  unless($oldname eq $newname){
  $newname_pre = $newname;
   while(-f $newname){
   $newname = "$newname_pre\($ren_value\)";
   $ren_value++;
   }
  }
 $ren_value = 0;
 rename($oldname,$newname);
}

なんだかｽﾏｰﾄではない気がしますが自己解決しました、
拡張子とﾌｧｲﾙ名を分けていなかったのでそちらが問題となりましたが
こちらはすぐ解決しそうです