全然読んでないけど、
%incount = ( '$line[$count]' => "$number[$count]" );
これが分からん。
$incount{$line[$count]} = $number[$count];
という意図だろう。
あと、
sort { $incount{$b} <=> $incount{$a} } @line;
これもダメ。
@line = sort { $incount{$b} <=> $incount{$a} } @line;
としたいのだろうな。
あるいは、

for(sort { $incount{$b} <=> $incount{$a} } @line){
print FH $_."\n";
}
と書きなさい。