文字コードが固定の場合は、use open を使うと楽。

#!/usr/bin/perl -w
use Encode;
use encoding 'shiftjis';

use open IO => ':encoding(shiftjis)'; # IOをshiftjis に設定
use open ':std'; # 標準入出力も、それで設定。

open(IN, '<in.txt') || die "cannot open: $!\n";
open(OUT, ">out.txt") || die "cannot open: $!\n";

while(<IN>){
print OUT $_;
}
close(IN) || die "cannot close: $!\n";

print OUT "日本語\n";
close(OUT) || die "cannot close: $!\n";