hot deployって、S2コンテナ経由でないと使えない、という認識であってるでしょうか。
たぶんJSPのようなことをS2コンテナがやってくれているんだと思うのですが。
JSPだと、URL（またはファイル名）とクラス名との対応をServletコンテナがもっていて、
hot deployだとインターフェース名やクラス名と、実際のクラスとの対応（あるいはクラスローダとの対応？）をS2コンテナが持っているんじゃないかと推測してます。
ここらへんの仕組みご存知の方いましたら解説お願いします。