WindowsUpdate したら .NET Framework 2.0 が入ったんですが
.NET Framework 1.1 の方がアンインストールされずに残ったままです。

これは共存可能ってことでしょうか？ 1.1 は消しても大丈夫ですか？

アプリケーション側から 2.0 使うか 1.1 使うか実行時に選べますか？