>>42
エラーメッセージ貼るなら、どの行か判るようにしてくれ。

で、恐らくmain()で配列Tが宣言されていないのでエラーになっていると思われる。
関数の呼び方も間違っている。訂正するならこんな感じか。
＞SetBoundaryCondition(T[NY][NX]);
↓
＞double T[NY][NX];
＞SetBoundaryCondition(T);