いったいどこを問題にしてるわけ？

＞別AppDomainで処理をするには、その処理を含んでいるアセンブリそのものを
＞別AppDomainにロードする必要があると思っているんだけど、違うやりかたがあるの？
そのとおりだけどそうすればいいだけで別に困らんと思うが？

＞リンク先のケースだと、プラグインの動的読み込みだから、アセンブリがファイルとして存在するんだよね。
だからファイルからロードする代わりにコンパイルするんだろ？

何か問題があるわけ？
※そりゃ多少は面倒は増えるが。