何の出力か書いてないからわからないが、デバッグビルドとリリースビルドで異なるとすると、
System.Diagnostics.Debugでログを書いてるとか、[Conditional("DEBUG")]を使ってるとか
#if DEBUG Then とやってるとかこんなところか。
DEBUGビルドだとコンパイル時の最適化とJIT時の最適化の両方をOFFにするから相当パフォーマンスが悪い。