>>46
src/Makefile.amの内容が40の（src/Makefile.in）とずいぶん違うようだが...

とりあえず実行権限が付与されてあるべきファイルで実際には付与されていないのがいくつかある
xxx/configure
xxx/depcomp

xxx/depcompを消してautomakeで作りなおしたらうまくいったよ