Linuxのsyslogdが全て悪いってことでしょ?
全てのディストリビューションで同じものを使っているのかどうかも知らないけど、
syslogdを変更するとか、syslogdのふりをして>>22の問題点を解消した
パケットを自分で投げるとか、syslogdのつける時刻に頼るのをやめて
時刻情報を自分で取得してメッセージに含ませるとか、
やりようはあるんじゃないの。

もっとも、自分で再発明するのを含めて何をどうやっても

> ログの誤差は1000時間で1msec以内なので実装するしかないのですよ

というのは(いまいち意味不明ではあるが)保証するのは難しいと思うけど。