main関数改造して10回の平均を出すようにしました。
これで>>50,54,58実行すれば有効なデータになりますか？
int main(void)
{
　　int time,sum,i,j,x,y,z;
　　sum=0;
　　for(j=0;j<10;j++)
　　{
　　　　time=timeGetTime();
　　　　for(i=0;i<1000000;i++)
　　　　{
　　　　　　x=1;y=2;z=3;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　　　x=1;y=3;z=2;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　　　x=2;y=1;z=3;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　　　x=2;y=3;z=1;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　　　x=3;y=1;z=2;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　　　x=3;y=2;z=1;
　　　　　　sort3(&x,&y,&z);
　　　　}
　　　　time=timeGetTime()-time;
　　　　printf("%2d回目：%d\n",j+1,time);
　　　　sum+=time;
　　}
　　printf("平　均：%d",sum/10);
　　return 0;
}