FreeBSDやMac OS Xならば、
　　fpurge(stdin)
で入力バッファに入っている文字を落とせる。

これが無いとちょっと面倒だけど、とりあえず改行文字まで
落としたかったら
　　while(getchar() != '¥n');
でいいんじゃない？