これからはencodingが便利そうだ、というのはわかったのですが、ファイル出力のところがよく分かりません。
読み込むファイルはsjis。出力もsjisとしたい場合、どうすればよいのでしょうか？
少し調べたときに、ファイル出力は別、というのを見たのですが、、、

これは、思考錯誤している途中のものです。
use encoding 'euc-jp', STDOUT => 'shift-jis';
#use Jcode;

$outfile = "output.txt";
$infile = "input.txt";

#open OUT , '>:encoding(shift-jis)', $outfile or die $!;
#open IN, '<:encoding(euc-jp)', $infile or die $!;

open OUT , '>'. $outfile or die $!;
open IN, '<'. $infile or die $!;

while(<IN>){
if ( $_ =~ m/([ぁ-ん]+)/ ){
# print OUT $_ . "\n";
print $1."\n";
}
}

close(OUT);
close(IN);