大抵は、設定ファイル自身はsvn:ignoreに加えておいて、
設定ファイルのひな形を別名でリポジトリにチェックインしてる。
とりあえず例として、Cactusとかの既存のリポジトリを除くと感じがつかめるよ。
ttp://svn.apache.org/viewvc/jakarta/cactus/trunk/
Cactusの場合は、build.propertiesの代わりにbuild.properties.defaultがリポジトリに登録されていて、
コメントで「build.propertiesって名前でコピーしてね」って書いている。
設定ファイルの項目に変更があったときがちょっと面倒だけど、
ファイルの比較とマージができる適切なツールが使えるなら問題ない。