>>48
fsfsの利点・欠点については>>2の「FSFS propaganda」が参考になるかと。

どれぐらい遅いかは、使用中のリポジトリのダンプを取って
fsfsの新規リポジトリにロードして使い比べてみては？
大して違いが無いようだったら、BDBのバージョンを気にしなくてよくなることと
壊れにくいことだけでも幸せかも。