と思ったら簡単に見つかりました。
IHTMLWindow2のexecScript使えばいいのね…。

http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/workshop/browser/mshtml/reference/ifaces/window2/window2.asp
http://www.ultrasync.net/yofune/?Prog%2FWin32%2FIE%A5%B3%A5%F3%A5%DD%A1%BC%A5%CD%A5%F3%A5%C8#rab3bb29