>>636
JRE に含まれる Java の標準ライブラリが、
ソースへの対応付けのための情報を含むようにコンパイルされているか、の違い。

ソースへの対応付けがないと、デバッガで１個ずつ実行を進めていったりするときに
標準ライブラリの中に入ると、今、自分がどこを実行しているかが分からないハズ（たぶん）。

他にも違いがあるかもしれないけど、開発時にJDK の方を使う理由には十分と思う。