えーっと、例えば、#pragmaかなんかでalignを１バイト境界に揃えた構造体、
struct A{
unsigned int data;
} a;
を
ifstream.read((char*)&a, sizeof(a));
したときの互換性？で致命的な問題って何があるでしょうか。
エンディアンぐらいしか思い浮かばない自分は半年ROMるべきでしょうか。