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そんなＣＰＵの分岐予測なんて問題を取り扱う以前に、
上の方で誰かが書いているが、座標で取り扱わずポインタにしなさい。
それだけで、相当速くなるから。
おそらく、アフィン変換をやるときに、転送先座標、x2, y2 から逆関数で、x1, y1 を
見つけて、そのデータがあれば、x2, y2 に代入、なければ ０を代入している部分だと
思うが、アドレスにするだけで同じアルゴリズムでもクリッピングに必要な条件判定が
２個で済むし、そもそも配列のアドレス計算が不要になる。
y2*DstWidthやy1*SrcWidthなんて、このループ内では定数なんだから、単純に、
*dest++ = *src;
となって、圧倒的に速いと思うよ。まあ、がんがれ。