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画像をキャプチャーする部分と、それを解析する部分に分けて考えましょう。
前者はスレ違いなので、パス。
後者は、単に細菌数を調べたいだけなら、面積を出力するのが一番簡単でしょう。
輝度なり色相なり、適当な指標を用いて、画像のピクセル数を数えれば、
ややこしい処理はいっさいなしで、必要十分なのではないでしょうか。