VS2005ProでWin2k以降で良いなら普通に.NETだろう。
C♯かC++かは、本人の好みの問題。
#includeで過去の遺産を使いたけりゃC++
過去の遺産なんていらないから、出来るだけ.NETを使いやすくしたけりゃC♯

どちらも、今後UNIX系でも使えるようになるから安心しろ。
標準化されてるからな。