BackGroundWorkerのサンプルみてないから解らんけど、プログレスバー更新の頻度が多すぎるから、
メインのGUIにユーザーがフォーカスを当ててもプログレスバーがフォーカスを奪ってしまっているとかは？
プログレスバーの更新処理を行っているメソッドで適当に時間管理して、何秒経ったらプログレスバーを更新汁、みたいなフラグ入れればいいんじゃない？

ちょっと試してくる。