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ありがとうございます。
AとBはmainで呼び出してるのではなく、

サーバの起動はLinuxで/etc/initd/XXXd startというコマンドをうったときにA.javaのC()を呼んで処理
するようになっています。

そして、/etc/initd/XXXd stopをうつと、A.javaのD()を呼ぶようにしています。

この場合もmainの場合と同じですか？