上はこれを参照して行いました。
http://samurai.pose.jp/java/archives/2004/12/javaml.php


で午後からもう一つやってみたのがこちら（こちらの方が古いようですが）から
http://www.badros.com/greg/JavaML/javaml-for-jikes-1.12.tar.gz
＃でもこの中のbadros-javaml-www9.pdfと193さんのXMLが違うようです。

jikes-xmlの設定が必要な様ですがよくわかっていません。以下jikes-xml
#!/bin/sh -
CLASSPATH=$CLASSPATH:/usr/lib/netscape/java/classes/java40.jar:/usr/lib/netscape/473/netscape/java/classes/java40.jar:.; export CLASSPATH
# +ulx is needed to get column information
# +ux for no column information
# +c for comment
JIKES_PATH=$HOME/jikes-1.12/src/jikes
#exec $JIKES_PATH -nowrite +c +B +ulx "$@"
exec $JIKES_PATH -nowrite +B +ux "$@"

また別にjava40.jarが必要なのか？