RDEから，Cygwin版Ruby[/bin/ruby.exe]を呼び出して使用しています。
CygwinはEUCでセットアップしてあります。RDEの文字コードもEUC/LFに設定してあります。
この環境で，以下のスクリプトを実行しました。※ gyokuroは文字列を形態素に分解します。

require 'gyokuro/gyokuro'
gyokuro = Gyokuro.new('本日は晴天なり。')
puts gyokuro.collect { |morpheme| morpheme.origin_yomi } #=> ['ホンジツ', 'ハ', 'セイテン', 'ナリ', '。']

結果は，正しく形態素解析されましたが，コンソールウィンドウの出力がはげしく文字化けしてしまいます。
形態素解析はEUCの辞書に基づいて行われているので，正しく分割されているということは
コードはEUCでrubyに引き渡され，EUCでgyokuroで処理され，EUCで出力されたのだと思われますが，
コンソールウィンドウはそれをSJISとして表示しようとするので，文字化けするのではないかと思われます。
試しにputsする文字列を.tosjisしたら，正しく表示されました。

しかしputsのたびにいちいち.tosjisを置くのはわずらわしく思われます。
コンソールウィンドウの表示だけeucをsjisに変換するようなことはできないでしょうか。