ありがとうございます！警告は出なくなりました。
349>剰余を使わなければいけないみたいなんです…
今のところ

#include<stdio.h>
int main(void)

{
int n,a,b;

printf("数値１:");
scanf("%d",&a);
printf("数値２:");
scanf("%d",&b);

n=1;
while(n <= a || n <= b){
if(a%n==0 && b%n==0)
++n;

}
printf("%dと%dの最大公約数は%dです",a,b,n);
return 0;
}

正常にコンパイルされているように見えるのですが、実行すると、
数値２を入力した後にまた点滅(？)が出てきます…
もう入力するものはないはずなんですが…