Fileに機能拡張したかったんでそ。
APIが返してくるオブジェクトにその機能が欲しかったとか。
欲しいフィールドがprivateだったとか。
まあ、privateメンバにアクセスするならリフレクション使えば問題ないが。

あとは、デフォルトコンストラクタが欲しいとかかな。
JAXBみたいに、スーパークラスにデフォルトコンストラクタがなかったら使えないようなライブラリがあるから、継承して拡張とかは意味なかったりするし。