2003と2005を同じソリューション(プロジェクト)で並行して使ってる人いる？
今日試してみたんだけど、このやり方でいいのか不安

C#の話。
ソリューションファイルとプロジェクトファイルは2003、2005で別々に用意。
プロジェクトのプロパティで、2003のほうにはNET11、2005のほうにはNET20って
条件付コンパイルシンボルを付ける。
ソースコードで、2005だけの部分は#if NET20 #endif で囲む。
2003だけの部分は#if NET11 #endif で囲む。

ビルドのとき、あらかじめobjフォルダは消しておかないとコンパイルエラーになることがある。