2005が入ってる大学……早いな
一応上位互換性/下位互換性はある
.NET 1.1が無くて.NET 2.0が入ってる環境では.NET 1.1のアセンブリも.NET 2.0で動く
ただしそれは完全な互換性を保証するものではない

ソースを使いまわす方向じゃ駄目なのか？