多分、FTP でサーバにアップして、
そのサーバで当該プログラムを実行している、ということなんだろう。

エンコードはあってるの？
バイナリデータをダンプするなり、バイナリエディタで開いて確認したりしてみた？

※Reader でないものを inReader などと名付けるのが気色悪い。
　inStream とかにしたらどうよ。