>>548 jarにするかしないかは、まあしたほうがいい。
後はターゲットがWindowsって決まっているのなら、
ごく一般的なWinアプリの配布と変わらんよ。NSISかなにか使って
インストーラ形式で配布すればデスクトップやスタートメニューに
ショートカット作ってくれて、アンインストールにも対応する。
たまに実行可能jarにこだわる人いるけど、Winって決まってるなら
他のWinアプリと同じ配布形式のほうがユーザには優しい。
http://nsis.sourceforge.net/EclipseNSIS_-_NSIS_plugin_for_Eclipse