こんな感じ？試してないからちゃんと動くか分からん。

open(my $fh, "+<セックス.txt") or die $!;
my ($males, $females) = split(/,\s*/, <$fh>);
seek($fh, 0, 0);
($GENDER)? $males++: $females++;
print $fh ("$males, $females");