大きなファイルを 1 行ずつ読み込んで処理をしているのですが、
結構時間がかかるので "." をポチポチと画面に表示していこうと
考えました。
とりあえず 500 件毎に "." を出力して、50 個出力したら改行するように
したつもりなのですが、1 つずつ "." が出力されず、
50 個いっぺんに "." が表示されてしまいます。

多分初歩的なことだと思うのですが、助言いただけませんでしょうか。

ソースはこんな感じです。
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#!/usr/bin/perl
$counter = 0;
while (<>) {
  $counter++;
  if ($counter % 5000 == 0) {
    if ($counter % 250000 == 0) {
      print "\n";
    }
    else {
      print ".";
    }
  }
}
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