ウィルス対策版をリリースして、
十分な移行期間を置いたのち、
WindowsUpdateのアレとか各社ウィルス対策ソフトベンダーが
Winny.exeをウィルスとして駆除すればいいと思うよ。

でも金子氏の言う、数行変更すればウィルス対策ができる、というのは信じられない。
ただ単に拡張子が.exeのファイルをダウンロードしないだけでは不十分だよね。
各種アーカイブファイルの中身までチェックしないと、exeを踏む人は踏むよ。