あれ、今考えたですが

int max=0,min=9999,a;
while(1){
printf("-9999で終了：");
scanf("%d",&a);
if(a==-9999)brake;
if(max<a)max=a;
if(min>a)min=a;
}
printf("最大=%d,最小=%d",max,min);

でいいじゃん。