Pentium XE 840 ではHyper-Threading有効となっているので、
デュアルコア×2スレッドで4スレッド同時処理ができますが、
HTの論理コアを判別する方法はないでしょうか？

SetThreadAffinityMask() を利用して１つのコアを
スレッドに対して独占的に割り当てた場合にHT論理コアだと
処理速度向上が余り望めません。

もしくはWindowsでＣＰＵ番号（コア番号）が
どのように割り当てられるかご存知ないですか？

単純に↓とか？
CPU1-Core1-Main
CPU1-Core1-HT
CPU1-Core2-Main
CPU1-Core2-HT

Opteron だと？
CPU1-Core1
CPU1-Core2
CPU2-Core1
CPU2-Core2