すみません、自分は日曜プログラマレベルで、対象CPUはx86、環境はVC++です。
VC++の設定を見ていると、「構造体メンバのアライメント」というのがあって16バイトアライメントを選べるようになってました。
同様に通常の変数もアライメントできる設定があるかと思い探しましたが見付かりませんでした。