いくつかのライブラリ(jarファイル)を物理的に一つにまとめて、
個別のファイルにクラスパスを通すこと方法はありますでしょうか？

例えば、A.jar と B.jar というライブラリがあり、
これらをそのまま、C.zipにすれば、AとBへ直接パスを通すのと同じように
扱えるようにしたいということです。(import文もそのままです。)

一度、AとBをclassまで解凍して、C.jarにするという案があるのですが、
例えば、commonsとかのJakartaのライブラリをそのようにして問題ないか
(ライセンス、動作的に)がはっきりしないため、現在は見送っています。