Window ネイティブのバイナリがあるのに Cygwin バージョンを使う利点がわからな・・・・
あ、他の Cygwin プログラムと連携できるから、かな？
まぁ作業コピーを TortoiseSVN と共用できない時点で、ほぼありえない選択だな。