できる。
つーか、$SVNROOT はただのディレクトリで、それ以上のものではない。
それ以下にどうディレクトリツリーつくろうが勝手。
それ以下のどこにリポジトリ置くかも自由。
ある程度考えてから構成したほうがいいけども。