php.iniにはそれらしき定義はよくわからないのですがこれでしょうか？

; Directory in which the loadable extensions (modules) reside.
extension_dir = /usr/lib/php4

でこのディレクトリ内にはそれらしきファイルがありますね。
-rwxr-xr-x 1 root root 955948 Feb 20 09:48 imap.so
-rwxr-xr-x 1 root root 73298 Feb 20 09:48 ldap.so
-rwxr-xr-x 1 root root 1958114 Feb 20 09:48 mbstring.so
-rwxr-xr-x 1 root root 90794 Feb 20 09:48 mysql.so
-rwxr-xr-x 1 root root 107103 Feb 20 09:48 odbc.so
-rwxr-xr-x 1 root root 153492 Feb 20 09:48 pgsql.so
-rw-r--r-- 1 root root 253704 Mar 28 12:16 php_ioncube_loader_lin_4.2.so
-rw-r--r-- 1 root root 254440 Mar 28 12:16 php_ioncube_loader_lin_4.3.so
-rw-r--r-- 1 root root 258856 Mar 28 12:16 php_ioncube_loader_lin_4.4.so

実行権限が与えられていないのが悪いのかと思い実行権限を与えてみましたが
それでも駄目でした。レンタル鯖を借りた状態からionCubeってのが入っているみたい
なのですが・・・
で、下のphp_inocube*.soを他のディレクトリに移してphp -vを実行してみたのですが

Failed loading /usr/lib/php4/php_ioncube_loader_lin_4.3.so: /usr/lib/php4/php_ioncube_loader_lin_4.3.so: cannot open shared object file: No such file or directory

になりますね。このファイルを読み込むかどうかはどこで指定されているのでしょうか？
extension_dirの中を勝手に読み込んでくる訳ではなさそうです。