いろいろ助言ありがとー。
自己解決。

while ($arr = mysql_fetch_array($result))
｛
　処理
｝

処理の部分で、

$sql_ins = "insert into db1(abc,def) values ('$abc','$def')";

と言う部分があったんだけど、この$defが初期化されてなく、
プログラム中でなにも代入されてなかった。
おもしろいのは、ある程度までNULL(?)が入っていたようなんだけど、
それが数千行のinsert処理を行った後で処理がとまり、while文から
特にエラーメッセージもなく抜けてしまったこと。

これを初期化することで解決。