うちはNSISでインストーラー作ってる。起動用ショートカットの登録とか
プライベートJREのインストールとかもやってるから普通のWinアプリとなんら変わらん。
少なくともjar単独配付はVMパラメータの設定とかちゃんと出来ないし実用にはならないね。
JWSは複数環境対応の仕事やったことないしよくわからん。